En douze ans, le bâtiment accueille sept millions de visiteurs. Ce succès amène l'aquarium à déménager, et un nouvel aquarium est inauguré à proximité du Vieux-Port, au cœur de la ville, en 2001. Propriété du groupe Coutant, le projet muséographique s'est appuyé dès le départ sur la nature des collections présentées et l'architecte a travaillé autour de ce concept et de ses exigences techniques et biologiques pour imaginer la structure et la forme du bâtiment. Sur une surface de 8 045 m2, il fait partie des plus grands aquariums européens : plus de 10 000 animaux de 500 espèces différentes se répartissent les 3 000 m3 d'eau des bassins, dont 1 500 m3 pour le bassin à requins.